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中国的基础研究向何处去？杨卫说，还是要回归本质，在有较充足经费保障的前提下，让喜欢自由探索的科学家自由探索，想要解决国家重大战略问题的科学家继续为国出力，每个人都能在各自的领域、以自己的方式找到从事基础研究的荣誉感。
在他看来，真正的基础研究，多数是以稳定经费、严格评估这种方式推动。稳定支持前提下，一个科研管理系统如果缺乏完善内部评估体制，没有淘汰，很快就会陷入“养懒人”“吃大锅饭”的泥淖，每五年进行的一次严格小同行评估可以从制度上杜绝这点。“坦率说，专业的基础研究机构是不能养人的，每个科研人员一定都像运动员一样参与残酷的全球竞争。”
但令人叫绝的是，同样的食材，同样的调料，每家烤出来的味道却各不相同。这就取决于各家烧烤师傅的技术，调料配比、火候，甚至什么时候翻面，什么时候撒孜然辣椒面，都是核心商业机密。
高凌云说，美国官员时常在图书馆、研究中心举办的活动上传递这类“信号”，通过这样的方式，他们能够以较小的政治风险得到外界的较多关注。这凸显出目前中美双方缺乏合作交流相关的机制性安排。高凌云认为，通常来说，比较好的方式是通过定期的会议来推动进一步的交流，“但这需要美方把改善中美关系当作长期性的安排去推进，而不是当作捞取政治资本的权宜之计。”
一位不愿具名的中科院某基础研究所所长对《中国新闻周刊》说，目前，各类项目来源不一，都有各自管理部门，比如科技部、基金委等。研究所对科学家所在的课题组只有保障义务和财务管理责任，但因为项目不是自己选的，所里既没有资源、也没有权力对项目任务进行调整，同时也不对项目的缺失或对错负责。
在北京生命科学研究所（简称“北生所”）所长王晓东看来，当下中国科研经费管理体制陷入的困境，背后还有一个更深的底层逻辑：科研的自主权到底该给谁？